Di origine etrusco-romana, Certaldo e' sorta nella val d'Elsa, alla confluenza del torrente Agliena, lungo la via Francigena.
E' stata per lungo tempo residenza della famiglia Alberti, fino a quando nel 1184 il Conte Alberti venne imprigionato e fu costretto a sottomettersi a Firenze. Nel 1415 la citta' fu denominata vicariato fiorentino.
E' la patria di Giovanni Boccaccio, che ha abitato, secondo la tradizione, in una casa a Certaldo Alta, dove oggi risiede il Centro Nazionale di Studi sull'autore del "Decameron".
La citta' alta conserva ancora le mura e le costruzioni medievali in mattoni cotti.